Den organisatorischen Rahmen des Umweltclusters Bayern bildet der Trägerverein Umwelttechnologie-Cluster Bayern e.V., dem alle bayerischen IHKs und die HWKs für München und Oberbayern und Niederbayern angehören.

Zentrale Organe des Clusters sind der Vorstand, der Clustersprecher, das Clustermanagement sowie die Mitgliederversammlung und der Beirat, bestehend aus Repräsentanten der Wirtschaft, Wissenschaft, Politik und Verwaltung.

Die  Satzung des Vereins unterscheidet zwischen ordentlichen Mitgliedern, Unternehmensmitgliedern und Fördermitgliedern.

Organigramm des Trägervereins Umwelttechnologie-Cluster Bayern e. V.